In Folge der Besatzung der Niederlande im Mai 1940 veränderte sich für die niederländische Bevölkerung und die Deutsche Schule Den Haag nur wenig. Kurz nach dem Angriff wurde eine Zivilregierung eingesetzt, die zum Ziel hatte den Lebensstandard und den Alltag der Bevölkerung zu erhalten und dabei die Niederländer zu nazifizieren.
Ab 1941 wurde die niederländische Öffentlichkeit und Demokratie schrittweise gleichgeschaltet und erste Einschränkungen für Juden eingeführt. Dies betraf auch die Deutsche Schule Den Haag, die ab 1941 von keinem Juden mehr besucht werden durfte, da alle Juden nun rein jüdische Schulen besuchen mussten.
Sonst veränderte sich das Leben der breiten niederländischen Bevölkerung bis 1944 jedoch nicht, da trotz der 1942 beginnenden Deportationen von Juden der Alltag und die Versorgung für sie ähnlich blieb. Die Schüler und Lehrer der Deutschen Schule wurden allerdings schon früher als der Großteil der niederländischen Gesellschaft mit dem Krieg konfrontiert, so wurden viele ältere Schüler und Lehrer in die Wehrmacht eingezogen.
Im Sommer 1943 wurde dann auch die ganze Schülerschaft aus Angst vor Bombardierungen oder der Eroberung der Niederlande durch die Alliierten ins Kinder-Land-Verschickungslager (KLV) Sterksel in der Nähe Eindhovens evakuiert. Dort blieben sie jedoch nur kurz, bevor sie im Herbst wieder nach Den Haag zurückkehrten, nur um im Frühjahr 1944 in das KLV Brummen im Gelderland verlegt zu werden.
Ab dem Sommer 1944 veränderte sich dabei das Leben in den Niederlanden durch das Anrücken der Alliierten-Truppen. Während die Süd-Niederlande befreit wurden, schafften es die Alliierten nicht, auch Holland und die Nord-Niederlande zu befreien. So blieb Den Haag bis zum Kriegsende im Mai 1945 besetzt und litt, wie ganz Holland, vor allem im Winter 1944/45 unter Ressourcenknappheit bei der schätzungsweise 20.000 Menschen verhungerten.
Die Schüler der Deutschen Schule Den Haag wurden bereits am 5. September 1944 aus Angst vor der Eroberung von Brummen nach Deutschland verschickt, wo die Jungen bis Kriegsende in Bad Fallingbostel in der Lüneburger Heide und die Mädchen in Luckau im Spreewald blieben. Die Deutsche Schule Den Haag wurde dann 1945, 82 Jahre nach der ersten Gründung einer deutschen Schule in Den Haag, offiziell aufgelöst. Erst 1954 kam es zur zweiten Gründung des Schulvereins und einer deutschen Schule in Den Haag.
